PROJETO TOPOLINO
Título: Sistema de Apoio à Análise Automática de Comportamento Animal em Laboratório
Descrição: Uma fase importante no desenvolvimento de um novo fármaco consiste na avaliação de seu efeito no comportamento de ratos e camundongos. Experimentos com ratos e camundongos exigem a observação visual desses animais em ambientes controlados e a extração de informações relacionadas, por exemplo, com a trajetória, velocidade e o tipo dos movimentos realizados. Esse projeto tem por objetivo o desenvolvimento de um software livre capaz de processar as imagens capturadas através de um dispositivo de captura de baixo custo, como uma webcam, e extrair automaticamente as informações relevantes para a análise de determinados comportamentos.
Equipe: Hemerson Pistori (Coordenador UCDB), Albert Schiaveto de Souza, Bruno Brandoli Machado, Jonathan de Andrade Silva, Wesley Nunes Goncalves, Edy Alberth Kamiya, João Bosco Oliveira Monteiro
Parceiros: UCDB, Tecsinapse CNPq, FUNDECT
Vídeo Demonstração: Clique Aqui
Download do Software: Clique Aqui (CUIDADO !!! Como o software não está sendo mais atualizado há anos ele depende de versões antigas de sistemas operacionais e bibliotecas, não sendo nada simples conseguir executá-lo nos sistemas atuais).
Publicações:
Trabalhos completos publicados em congressos ou periódicos
Título: Sistema de Apoio à Análise Automática de Comportamento Animal em Laboratório
Descrição: Uma fase importante no desenvolvimento de um novo fármaco consiste na avaliação de seu efeito no comportamento de ratos e camundongos. Experimentos com ratos e camundongos exigem a observação visual desses animais em ambientes controlados e a extração de informações relacionadas, por exemplo, com a trajetória, velocidade e o tipo dos movimentos realizados. Esse projeto tem por objetivo o desenvolvimento de um software livre capaz de processar as imagens capturadas através de um dispositivo de captura de baixo custo, como uma webcam, e extrair automaticamente as informações relevantes para a análise de determinados comportamentos.
Equipe: Hemerson Pistori (Coordenador UCDB), Albert Schiaveto de Souza, Bruno Brandoli Machado, Jonathan de Andrade Silva, Wesley Nunes Goncalves, Edy Alberth Kamiya, João Bosco Oliveira Monteiro
Parceiros: UCDB, Tecsinapse CNPq, FUNDECT
Vídeo Demonstração: Clique Aqui
Download do Software: Clique Aqui (CUIDADO !!! Como o software não está sendo mais atualizado há anos ele depende de versões antigas de sistemas operacionais e bibliotecas, não sendo nada simples conseguir executá-lo nos sistemas atuais).
Publicações:
Trabalhos completos publicados em congressos ou periódicos
- Hemerson Pistori, Valguima Odakura, João Bosco Monteiro, Wesley Gonçalves, Antonia Railda Roel, Jonathan Silva, Bruno Machado. Mice and Larvae Tracking using a Particle Filter with an Auto-Adjustable Observation Model. Pattern Recognition Letters, 2009. ISSN: 0167-8655 [Elsevier - ScienceDirect]
- Wesley Nunes Gonçalves, Jonathan Silva, Bruno Brandoli, Hemerson Pistori And Albert Souza.Hidden Markov Models Applied To Snakes Behavior Identification Lecture Notes in Computer Science - Vol. 4872 - Special issue - IEEE Pacific-Rim Symposium on Image and Video Technology PSIVT 2007>, Santiago, Chile, December 17-19, 2007 [pdf - draft version] ISBN 978-3-540-77128-9
- Wesley Nunes Gonçalves, Jonathan de Andrade Silva, Bruno Brandoli Machado, Hemerson Pistori, Albert Schiaveto de Souza. Modelos Ocultos de Markov Aplicados na Identificação de Comportamento de Serpentes. III WVC - Workshop de Visão Computacional, São José do Rio Preto, São Paulo, Outubro 22-24, 2007. [pdf]
- Jonathan de Andrade Silva, Wesley Nunes Gonçalves, Bruno Brandoli Machado, Hemerson Pistori, Albert Schiaveto de Souza. Comparação de Descritores de Formas no Reconhecimento de Objetos. III WVC - Workshop de Visão Computacional, São José do Rio Preto, São Paulo, Outubro 22-24, 2007. [pdf]
- Jonathan Andrade Silva, Wesley Nunes Goncalves, Bruno Brandoli Machado, Hemerson Pistori, Albert Souza. Modelos Ocultos de Markov Aplicados na Identificação de Comportamento de Camundongos. Revista Hífen - XI Simpósio de Informática - SIMS, PUC-RS, Uruguaina, Novembro 7-9, 2007 [pdf - draft version]
- GONÇALVES, W. N.; SAUEIA, V. A.; MACHADO, B. B.; SILVA, J. A.; SOUZA, K. P. DE; PISTORI, H. Técnicas de Segmentação baseadas em Subtração de Fundo e Modelos de Cores: Um Estudo Comparativo. XXVIII CILAMCE - Iberian Latin American Congress on Computational Methods in Engineering, Porto, Portugal, Junho 13-15, 2007. [pdf]
- MACHADO, B. B.; SILVA, J. A.; GONÇALVES, W. N.; PISTORI, H.; SOUZA, A. S. Topolino: Software Livre para Automatização do Experimento do Campo Aberto. XV Seminário de Computação - SEMINCO, Blumenau, Novembro 20-22, 2006. [pdf]
- MONTEIRO, J. B.; PISTORI, H. Uma Ferramenta Livre para Experimentos com Filtros de Partículas. SIBGRAPI 2006 / Workshop de Iniciação Científica - SIBGRAPI 2006, Manaus, Brasil, 08-11 de Outubro, 2006. [pdf]
- GONÇALVES, W. N.; SILVA, J. de A.; MACHADO, B. B.; RUCHKYS, D. P. de; PISTORI, H. Software de Auxílio no Reconhecimento de Padrões em Animais de Laboratório utilizando Cadeia de Código. 7° Workshop Software Livre - WSL2006, Porto Alegre, Abril 19-22, 2006. [pdf]
- MONTEIRO, J. B.; PISTORI, H.; SOUZA, A. S. Visão Computacional para Rastreamento de Múltiplos Animais em Experimentos de Laboratório: Resultados Preliminares. XVIII Brazilian Symposium on Computer Graphics and Image Processing - SIBGRAPI, III Workshop de Trabalhos de Iniciação Científica em Computação Gráfica e Processamento de Imagens - WICCGPI, Natal, Outubro 9-12, 2005. [pdf]
- Bruno Brandoli Machado. Extração de Atributos e Inferência Gramatical para Reconhecimento de Comportamentos em Animais. Curso de Engenharia de Computação. UCDB. Campo Grande, 2007. [pdf]
- Jonathan de Andrade Silva. Modelos de Markov Ocultos Aplicados na Identificação de Comportamento de Camundongos. Curso de Engenharia de Computação. UCDB. Campo Grande, 2007. [pdf]
- Wesley Nunes Gonçalves. Modelos de Markov Ocultos Aplicados na Identificação de Comportamento de Serpentes. Curso de Engenharia de Computação. UCDB. Campo Grande, 2007. [pdf]
- Edy Alberth Kamiya. Extração de Características Comportamentais de Camundongos em Ambientes Controlados. Curso de Engenharia de Computação. UCDB. Campo Grande, 2005. [pdf]
- João Bosco Oliveira Monteiro. Filtro de Partículas para Rastreamento de Múltiplos Camundongos. Curso de Engenharia de Computação. UCDB. Campo Grande, 2005. [pdf]